WindowsとMac-OSでは，ファイルの記録様式(ファイルフォーマット)が異なるため，一方で記録したフロッピーディスクやMOを，他方で直接読むことはできません。ただしMac-OSでは，バージョンによりApple File Exchange(AFE)やPC Exchangeという変換ソフトが付属しており，Windowsで記録したフロッピーをMacintoshで変換して読むことは可能となっています。逆にMac-OSで記録したものをWindowsで読み出す変換ソフトは，ユーティリティソフトとして市販されています。それを使えば可能ですが，誰でもすぐに変換して読めるという，汎用性を持つまでには至っていないのが現状です。
CD-ROM(CD-R)では，共通のファイルフォーマットとしてISO9660があります。WindowsやUNIXではISO9660を採用し，Mac-OSではHFSという独自のファイルフォーマットを採用しています。そのためWindowsとMac-OSの両方で利用できるハイブリッド形式のCD-ROMでは，両方のファイルフォーマットで記録しています。ただしMac-OSではHFSとともにISO9660にも対応しており，少なくとも文書ファイルは読めるようになっています。このISO9660フォーマットには，レベル1，レベル2，レベル3の三種類の仕様があります。
レベル1ではファイル名は8.3形式で，ファイル名にはアルファベットと数字と“_”(アンダースコア)しか利用できません。8.3形式とはファイル名が8文字まで，拡張子が3文字までの形式をさします。そのため，たとえば“index.htm”というファイル名は問題ないものの，“index.html”では拡張子が4文字であるためファイル名が縮められたものになってしまいます。レベル2ではファイル名は31文字までと拡張され，全角文字やアンダースコア以外の記号もファイル名に含めることができるようになっています。レベル3では，ファイルがディスク上に連続して並んでいなくても読めるようになっています。どのOSも，レベル1はサポートしているが，レベル2やレベル3になると対応していないものが多いのが現状です。そのため，CD-ROMを渡す相手がWindows，Mac-OS，UNIXなど多岐にわたる場合，ISO9660レベル1のファイルフォーマットで記録して渡しています。
ISO9660とは別に，互換性のあるファイルフォーマットとして，UDF(Universal Disc Format)が登場しています。ISOが公的機関であるのに対し，UDFはCD関連の企業が参加したOSTAという団体が策定しています。UDFはもともとDVDのファイルフォーマットとして設計されており，それ用にVer.1.02が採用されました。しかしDVD以外の大容量記憶装置への適用のために仕様が更新され，現在はVer 1.5を経てVer 2.0となっています。ただし，Ver 1.02はWindows98やMac-OS 8.1以降でサポートされているものの，Ver 1.5やVer 2.0は対応するOSがかなり限定されているのが現状です。
このUDFが，私としても互換性が気になっており，現在チェック中の規格です。仕様上はOKでも，実際に試して確認してみないと何ともいえないからです。CD-RやCD-RWへの書き込み方式にパケットライトがあり，それのファイルフォーマットとして，一部でUDFが採用されています。仕事柄，障害が発生してもCD-Rを焼き続けられるよう，2台のCD-R/RWドライブを別々のマシンに取り付けており，二つのパケットライト用ソフト(PacketCD，DirectCD)を使っています。それらで書き込んだCD-Rが他のOSでも読めるかどうか，機会があるたびにそれをチェックしています。またDVD-RAMでの互換性も気になるところであり，今後いろいろと試してみたい事項です。
